La pigmentación de los ojos está dada por la melanina, la cual da el color y lo distribuye por las dos primeras capas del iris. La melanina se encuentra en unas células llamadas melanocitos. Mientras más melanina en los melanocitos, el ojo será más oscuro, y mientras menos, el ojo será más claro.
Varias investigaciones apuntan a que el iris está relacionado con la protección que tiene el ojo de los rayos UV. Un ojo oscuro aguantaría de mejor forma condiciones de luz alta y radiación. Por otro lado, un ojo claro estaría más expuesto enfermedades derivadas de la exposición a la luz.
Estudios de científicos europeos parecen rebatir la tesis anterior, que asocia la aparición de enfermedades oculares a los ojos claros. Mediante el estudio de la relación entre la pigmentación de los ojos y la aparición del melanoma uveal, un tumor ocular, los científicos observaron que la mayoría de los casos de melanoma se daban en ojos de pigmentación oscura.